A Nemzeti Park 1989-ben védetté nyilvánított Csanádi puszták részterülete jelenleg Makó, Tótkomlós, Ambrózfalva, Nagyér, Csanádpalota és Királyhegyes határában, összesen 4057 hektáron terül el. A terület vegetációja és a tájtörténeti kutatások alapján egyértelműen megállapítható, hogy a Csanádi puszták esetében a XIX. század második felében végrehajtott vízszabályozási munkálatok nem változtatták meg lényegesen az időszakosan vízzel borított területek nagyságát, és nem ennek hatására alakultak ki a terület szikesei, hanem azok már a holocén bükkfázisának szikeseivel folytonos kapcsolatban állnak, ún. elsődleges, ősi szikesek.
A Csanádi puszták három részből áll, a legészakibb, egyben legszárazabb és legszikesebb pusztafolt a Kopáncsi-puszta. Jól fejlett padkás szikeseket, szikereket találunk itt. A puszta legjelentősebb botanikai értéke a több százezres tőszámú, védett őszi csillagvirág (Scilla autumnalis), mely ürmös gyepben Magyarországon csak a Dél-Tiszántúlon fordul elő.
A Csanádi puszták középső tagja a Montág-puszta, melynek nyugati oldalát egy nagy kiterjedésű időszakos mocsár, a Nagy-Zsombék foglalja el. Nedvesebb években combig érő vizek és a nyomukban kialakuló fehér tippanosok, zsiókások, tavikákások, a még ennél is mélyebb vizeken gyékényesek, nádasok alakulnak ki. Száraz években ellenben ecsetpázsitosok, füves szikespuszták csenkeszesei jellemzőek. Az ecsetpázsitosok aljában előfordul a védett egyvirágú here (Trifolium ornithopodioides) és a sekély vizű részeken az egypelyvás csetkáka (Eleocharis uniglumis).
A legdélebbi a Királyhegyesi-puszta, mely a három pusztafolt közül a legváltozatosabb mikrodomborzati formákkal, talajtípusokkal, ennek következtében sokszínű növényvilággal rendelkezik. A vakszikek jellegzetes sótűrő növényfaja a magyar bárányparéj (Camphorosma annua) és az ősi szikeseket jelző, védett sziki varjúháj (Sedum caespitosum). Az iszapfelszíneken a magyar kígyófark (Pholiurus pannonicus) és a vékony útifű (Plantago tenuiflora) alkotta növénytársulást is megtalálhatjuk. A Liliomost, a puszta közepén elhelyezkedő értékes mocsarat nádas, gyékényes, tavi kákás foltok, valamint a szélén mocsári sásos állományok jellemzik. A mocsár szegélyében él a Dél-Tiszántúl két pontján ismert védett orchideafajunk a pompás kosbor (Orchis elegans) kisebb állománya. A Nemzeti Park területei közül itt maradtak fenn a legnagyobb kiterjedésben szikes területek közé ékelődő fajgazdag löszpusztagyepek. Ezekben kifejezetten gyakori a Dél-Tiszántúl más térségeiben ritkának számító gumós macskahere (Phlomis tuberosa), a lila virágú, földön kúszó pusztai meténg (Vinca herbacea) és a sárga virágú, selymes boglárka (Ranunculus illyricus). Itt található a Dél-Tiszántúl legnagyobb tavaszi hérics (Adonis vernalis), valamint az ország legjelentősebb vetővirág (Sternbergia colchiciflora) állománya. Igazi meglepetésnek számított, amikor a puszta déli részén lévő löszgyepben megtaláltuk 2010-ben a Dél-Tiszántúlon korábban nem ismert, védett szártalan csüdfű (Astragalus exscapus) kisebb állományát. Erről a pusztafoltról került elő a keleti elterjedésű sztyeplepke (Catopta thrips) is, melynek Magyarországon jelenleg csupán kevés előfordulási helye ismert. A Nemzeti Parkon belül a Királyhegyesi-puszta gazdag pókfaunájáról is nevezetes, eddig közel száz fajt írtak le innen, köztük két, a hazai faunára új fajt.
Különösen csapadékos években, a kialakuló mocsári elöntéseken sok más madárfaj mellett nagy telepekben költ a fattyú- és a fehérszárnyú szerkő (Chlidonias hybrida, Ch. leucopterus). Több, mint egy évtizede vegyes gémtelep is létesült az egyik pusztaszéli facsoportban, ahol a legnagyobb létszámú bakcsó (Nycticorax nycticorax) és szürke gém (Ardea cinerea) mellett kis kócsag (Egretta garzetta), üstökösgém (Ardeola ralloides) és kanalasgém (Platalea leucorodia) is költ. A Csanádi-puszták szárazabb részein fészkel a térség egyetlen túzokállománya (Otis tarda) és kedvelt területe ez a különböző ragadozómadárfajoknak is. A nyárvégi, kora őszi időszakban kígyász- és pusztai ölyvekkel (Circaetus gallicus, Buteo rufinus), békászó sasokkal (Aquila pomarina), hamvas és fakó rétihéjákkal (Circus pygargus, C. macrourus) rendszeresen találkozhatunk. A Montág-puszta keleti oldalán fekvő Nagy-Zsombék gazdag vízivilágnak köszönhető, hogy a Nemzeti Park harmadik területeként, a kardoskúti Fehér-tó és a Biharugrai-halastavak után 2008-ban a Montág-pusztát is felvették a nemzetközi jelentőségű, a Ramsari Egyezmény hatálya alá tartozó vizes élőhelyek közé.
A fokozottan védett Királyhegyesi-puszta és a Nagy-Zsombék nem látogatható. Utóbbinak főként tavaszi és késő őszi időszakban látványos vízivilága a Tótkomlós és Makó-Rákos között, a megyehatáron álló kilátótoronyból figyelhető meg.
